Las actividades de posgrado comienzan el año 1985 con la denominación de Departamento de Posgrado, instancia que tenía la responsabilidad del proceso de formación de los Especialidades Médicas, bajo la tuición de un profesional del área.
El posgrado en medicina de Bolivia, surge como una necesidad de formar recursos humanos especializados en el propio territorio nacional, frente a los esfuerzos personales de profesionales médicos egresados de las Facultades de Medicina del país, como son: la Universidad de San Francisco Xavier de Chuquisaca, la Universidad de San Andrés de La Paz y Universidad Mayor de San Simón de Cochabamba que optaron por los países del extranjero para su formación especializada.
La inexistencia formal de la modalidad de posgrado para la especialización, instó a profesionales congregados en Sociedades Médico-Científicos, amparados por el Colegio Médico de Bolivia (D.S. No.9944 del 1º octubre 1971 y R.S.202740 del 27 agosto 1.987), a desarrollar eventos científicos (Cursos, Congresos y otros) como una alternativa de cubrir los vacíos y promover el perfeccionamiento académico, científico y generar luego su propia cualificación para la certificación médica.
Dentro del proceso formativo para profesionales médicos surgió la idea que después se materializó en la Integración Docente-Asistencial, con la coparticipación del Ministerio de Salud Pública y la Universidad mediante el DS. N 04789 del 4 Diciembre de 1957 y DS No. 16181 del 9 Febrero de 1979, por los que se declaran Hospitales de Clínicas a los principales Hospitales Estatales que funcionan en las sedes de las Facultades de Medicina del Sistema Universitario. Por RM. No 1098 del 18 de Noviembre de 1975, se constituye el "Comité Nacional de Coordinación de Enseñanza Médica de Posgrado", conformado por representantes del Ministerio de Salud, Universidad Boliviana, Colegio Médico e Instituto Boliviano de Seguridad Social, y la R.M. No. 0390 del 23 marzo de 1977, reglamenta el "Sistema Nacional de Residencia Médica", dentro del marco del "Comité Nacional de Integración Docente Asistencial é Investigación (C.N.I.D.A.I.) y del Sistema Boliviano de Residencia Médica" en actual vigencia.
En septiembre del año 1998, se lanza la IV Versión de la Maestría en Educación Superior en la ciudad de Sucre, constituyéndose en la primera para la Universidad San Francisco Xavier debido a que las tres versiones anteriores de este programa, fueron promovidas con la participación de la Universidad Andina Simón Bolivar, sin embargo, a partir de este momento, como una actividad propia de posgrado de la USFX nace el Centro de Estudios de Posgrado e Investigación a la cabeza de un Director, con el apoyo administrativo de una Secretaria y un Conserje. Desde 1999 a la fecha se viene desarrollando nuevas versiones del mismo programa para docentes universitarios y profesionales en general.
Con la finalidad de contribuir con el mejoramiento profesional y humano de las personas, se desarrollarón nuevos programas en diferentes áreas del conocimiento como son: Maestría en Gestión Empresarial, Diplomado en Derecho Agrario, Diplomado y Especialización en Proyectos Agroindustriales, Diplomado en Bromatología, Diplomado en Educación Superior y diversos cursos de Educación Continua.
Es importante resaltar que el Centro de Estudios de Posgrado e Investigación de la USFX es el pionero en el lanzamiento del Primer Doctorado en Ciencias de la Educación a nivel Nacional, del cual se gradúan los 10 primeros doctores, en año 2001 empieza la segunda versión, con el resultado de 14 doctores, diez de Sucre y cuatro de La Paz. Hasta septiembre del año 2002, el Centro de Posgrado había crecido en cuanto se refiere al personal Administrativo contándose con Un Director, un Administrador, un responsable de Sistemas de Información y Comunicación, una Secretaria y dos Conserjes.
En septiembre de 2002 existe un cambio de Director por exámenes de competencia y concurso de Méritos, y en la gestión 2003 inicia el auge del CEPI con el lanzamiento de más de 26 programas de posgrado con alcance nacional, en Sedes como Cochabamba, Santa Cruz y La Paz, abriendo la tercera versión de Doctorado en las mencionadas ciudades, además se da inicio a los programas a distancia en plataforma virtual y diversos programas en diferentes áreas de conocimiento, a la fecha el Centro de Estudios de Posgrado e Investigación ha ampliado su estructura organizacional inicial, contando con un personal administrativo y académico integrado por más de 50 personas.
El Centro de Estudios de Posgrado e Investigación desarrolla Programas en forma conunta con las diversas Unidades Facultativas de la Universidad, a través de un trabajo coordinado y comprometido con el desarrollo posgradual en las diferentes áreas del conocimiento.
El crecimiento de esta unidad académica de cuarto nivel de educación, constituye un ejemplo de desarrollo auto sustentable para la Universidad en general.
Por gestión de sus autoridades ejecutivas y el apoyo decidido al fortalecimiento del Posgrado por parte de Rectorado y Vicerrectorado de nuestra Universidad, a través de sus autoridades, el Lic. MBA. Jaime Barrón Poveda y el Dr. Iván Arciénega Collazos Ph.D., pudo concretarse la adquisición de una infraestructura adecuada para el desarrollo de las actividades académicas y administrativas del CEPI.
Cuenta con ambientes para oficinas administrativas, aulas, red de comunicación en todo el edificio, equipamiento, etc., con excelentes perspectivas de expansión. La entrega del Edificio se efectuó en Acto Oficial con la participación de nuestras máximas Autoridades Universitarias, Decanos y Directores de Carrera de las diferentes Unidades Académicas y todo el personal administrativo y académico del CEPI.
Cabe destacar que el Centro de Estudios de Posgrado e Investigación, se encuentra a la vanguardía en los procesos de Evalaución y Acreditación Internacional de Programas Posgraduales, contando a la fecha con el "Premio a la Calidad Posgradual y del Doctorado en Iberoamerica", en el Doctorado en Ciencias de la Educación (2005) y en la Maestría en Administración Pública con mención en Desarrollo Local (2010).